◎モニタリング検査（自主検査）
食品衛生法違反のおそれが低い貨物のうち、
検疫所が取り扱う品目ごとの年間輸入量や過去の違反実績を勘案した年間計画に基づき、必要な場合に行われる検査です。
モニタリング検査のサンプリングは各検疫所食品監視窓口で行われ、試験分析は高度な検査技術や機器による検査が行える横浜と神戸検疫所の輸入食品・検疫検査センター等で、国が経費を負担して実施されています。
ただし、品目の内容によっては検疫所の指示により、国から認められた「登録検査機関」に輸入者自らが依頼し、検査を受けなければならない可能性があります。
自主検査の場合は、検査結果の判明を待たずに輸入することが可能です。ただし、検査結果が不合格の場合は、回収等の措置を講じなければなりませんので、ご注意ください。

◎行政検査
初めて輸入する食品等の検査、食品衛生法に違反していた食品や輸送途中で事故が発生した食品等の確認検査などを指します。
通常は、届け出た検疫所の食品衛生監視員による検査となります。
行政検査の場合は検査後に適法と判断されるまで、流通させることは認められません。

◎命令検査（検査命令）
輸出国の事情、食品の特性、同種の食品の違反事例を元に、食品衛生法違反のおそれが高いと判断される食品等について、厚生労働大臣の命により輸入者自らが費用を負担し行う検査です。輸入者自らが「登録検査機関」に依頼し、検査を受ける必要があります。
命令検査の場合は検査後に適法と判断されるまで、流通させることは認められません。

◎指導検査
初回の輸入の際や定期的な輸入の際に、農薬や添加物等の使用状況や同種の食品の違反情報等を参考として、輸入者の自主的な衛生管理の一環として、必要な試験を行うよう検疫所から指導される検査です。輸入者自らが「登録検査機関」に依頼し、検査を受ける必要があります。
指導検査の場合は検査後に適法と判断されるまで、流通させることは認められません。